נער מתבגר מתאהב בנערה צעירה חירשת אילמת, ששומעת יותר מן השומעים, לפי דברי אביה. היא ואביה פיתחו כתב מיוחד משלהם, והם מתקשרים ביניהם בעזרת הכתב הזה. כאשר נעלמת לפתע הנערה, יוצאים כל מכריה לחפשה. לפי תגובותיו של הנער, מבינה אמו שהוא מאוהב בנערה. עוברות שנים והנער ממשיך לחפש את אהובתו, נעזר בסימנים שהוא חושב שהיא שולחת לו. בינתיים, מתברר שיש אדם צעיר, משבט לוי, שמאיים על משפחת הנער, על הנער עצמו ועל הנערה האילמת. האיום הזה נמשך גם לאחר ששני הצעירים נישאים ומקימים משפחה באזור מרוחק, כדי להיעלם מעיניו של האדם המאיים עליהם. דרך פיתולי העלילה עולים נופיה של ארץ ישראל, מנהגים והוויה ישראלית עתיקה. חליל מילל בואדי הוא סיפור בדיוני המעוגן בתקופת "השופטים".