שבע שנים לאחר חיסולו של אוסמה בן-לאדן, ושבע-עשרה שנים לאחר מתקפת הטרור הקטלנית של ה-11 בספטמבר 2001, מתכנן אל-קאעדה מגה-פיגוע נוסף על אדמת ארצות-הברית, רצחני בהרבה מקודמו, עם עשרות אלפי הרוגים.
יורשיו של בן-לאדן סימנו לעצמם שתי מטרות: 'סגירת חשבון' עם ארצות-הברית על חיסול מנהיגם הנערץ, וביסוס מעמדו של אל-קאעדה כאירגון טרור שאינו מהסס להתגרות במעצמת 'הכופרים' הגדולה בתבל. את 'התואר' המפוקפק הזה גזל מהם בשנים האחרונות דאע"ש. אבל מנהיגי אל-קאעדה האמינו, כי לאחר המגה-פיגוע בגמר הסופרבול באטלנטה, לאיש לא יהיה ספק מיהו אירגון הטרור הבלתי-מעורער של העולם המוסלמי.
בראש צוות המשימה עמד לוטפי בן-ג'לאל, בכיר באל-קאעדה, שותף בתיכנון פיגוע 'התאומים' בניו-יורק, ואחד מעשרת הטרוריסטים המבוקשים ביותר בעולם. איתו בצוות, שלושה טרוריסטים מבוקשים נוספים, שה-FBI הציע פרסים של מיליוני דולרים על ראשם.
שון סקוט, נער אמריקאי מופנם ולא-חברותי, נהג להסתגר רוב שעות היום בחדרו ולהתמכר לתחביבו – משחקי מחשב. האתגר שהציב לעצמו, לפצח את מערכת ההפעלה של כל גירסה חדשה שיצאה לשוק, הגביר בו את התשוקה להתמחות בתחום. הוא בלע בשקיקה את הספרות המקצועית המציעה שיטות לפריצת האתרים המאובטחים ביותר, ומשם הייתה הדרך קצרה להצטרפות לקבוצת האקרים סודית.
ביום-הולדתו הארבע-עשרה התייצבו בבית המשפחה, בפרבר שקט באטלנטה, קצין במדים מלווה בשתי חיילות, ובישרו לו ולאימו אמילי שאביו-בעלה, סרג'נט פרדי סקוט, נהרג בפיגוע תופת של אל-קאעדה באפגניסטן. גופתו לא נמצאה. שון סירב להאמין שאביו אכן נהרג.
יום אחד הוא נתקל בכתבת תחקיר בשבועון Time, על פעילות הסייבר של יחידת העילית המסונפת לסוכנות האמריקאית לביטחון לאומי (NSA): שתילת רוגלות במחשבים, נתבים, טלפונים ניידים ומכשירים אלקטרוניים מתוחכמים נוספים, לצורך איסוף מידע רגיש ממדינות אויב ומדינות ידידותיות גם יחד.
בעקבות הכתבה מחליט שון לפרוץ לאתר ה-CIA ולמחשבי הפנטגון, בניסיון לדלות מידע מסווג על גורל אביו. הוא מצליח ליירט את התשדורות שהתנהלו ביום בו נהרג אביו, ונדהם לגלות מידע על נסיבות מותו של סרג'נט פרדי סקוט, ששילטונות הצבא העלימו מידיעתו ומידיעת אימו.
לוטפי בן-ג'לאל, מתכנן המגה-פיגוע, מגיע לאטלנטה בדרכון מזויף של איש-עסקים מכובד, קרוב-משפחה של שליט דובאי. אמילי סקוט, אימו של שון, ארכיטקטית במקצועה, נפגשת איתו באקראי ומתאהבת בו.
שון חושד בגבר יפה-התואר ששבה את ליבה של אימו, ועוקב אחריו. בעזרת תוכנת מעקב שהצליח להשתיל לנייד שלו, הוא מגלה לתדהמתו שהאיש הוא בכיר באל-קאעדה, טרוריסט מבוקש על-ידי שילטונות ארצות-הברית.
שון אינו ממהר לשתף בגילוי את אימו בפרט, ואת ה-FBI בכלל. במקום זה, הוא מנהל מעקב צמוד אחר הטרוריסט, שבמהלכו נחשפת לפניו התוכנית המצמררת לביצוע פיגוע הטרור הקטלני בהיסטוריה.
אטלנטה בלהבות הוא סיפורו של גאון מחשבים אמריקאי צעיר, המגייס חבורת ילדים ערבים וחובב רחפנים, במאמץ לסכל את המגה-פיגוע שמתכנן אל-קאעדה בגמר הסופרבול של שנת 2022. האם יצליחו במשימה?